Микробиологическая лаборатория проводит исследования проб (образцов) с объектов окружающей среды (вода всех типов, в том числе питьевая, бутилированная, вода для гемодиализа); продуктов питания, в том числе детского питания; смывов с поверхностей, с предметов; стерильного материала медицинского назначения; парфюмерно-косметической продукции; воздуха закрытых помещений; почвы, песка; биогумус; идентификацию микроорганизмов (бактерий); индикацию биологических пленок; изучение чувствительности бактерий к растворам дезинфицирующих средств; определение эффективности работы стерилизующего оборудования (биологические индикаторы).

Лаборатория применяет стандартные «золотые» бактериологические методы, использует автоматизированные методы лабораторной диагностики, которые дают возможность быстрее получить результаты исследований:

• молекулярно-биологический метод (ПЦР в режиме реального времени) c применением амплификатора RotorGeneQ6;
• идентификация микроорганизмов с применением анализатора Vitek Compact 2;
• система для отбора проб смывов с поверхностей, предметов;
• система для детекции (обнаружение) биологических пленок.

Паразитологические исследования объектов внешней среды:

• пищевые продукты и продовольственное сырье, вода всех типов, почва, песок, иловые отложения, смывы с поверхностей, предметов по показателям в соответствии с регламентирующими НД, СанПин (яйца и личинки гельминтов (трихинеллы, финны (цистицерки), их жизнеспособность (аскариды, власоглавы, токсокары, онкосферы тениид, фасциолы); цисты и ооцисты патогенных кишечных простейших, ооцисты криптоспоридий).

Молекулярно-биологические исследования методом ПЦР объектов внешней среды:

• пищевые продукты и продовольственное сырье на выявление рекомбинантной ДНК растительного происхождения (ГМО);
• вода, смывы  на выявление Legionella pneumophila.

Энтомологические исследования объектов внешней среды:

• пищевые продукты и продовольственное сырье на зараженность и загрязненность вредителями продовольственных запасов (насекомые, клещи);
• вода, жилые и общественные здания и сооружения, природные биотопы на выявление личинок и куколок кровососущих комаров, имаго
• почва на выявление личинок и куколок синантропных мух
• определение вида насекомых и клещей, переносчиков и резервуаров возбудителей зооантропонозных болезней.